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ヘマトキシリン液は調製後、酸化剤による反応が進み、徐々に染色強度が変化します。その後、空気酸化等によりヘマトキシリンが過剰酸化すると、生成したオキシヘマテイン（前項を参照）は染色強度の低下をもたらします。
調製後１～数日経過するとヘマテインの生成が進み、使用可能な状態となり、1～３ヶ月後にヘマテインの吸光度（560nm）は最大となります。共染が強い場合には、必要に応じて塩酸水や塩酸アルコールによる分別を行います。市販のヘマトキシリン液に関しても同様ですので、製造年月日や調製年月日の確認が必要です。